印度尼西亚地处赤道周边，属热带雨林气候，由于季风而分为干、湿两季，平地年雨量介于1,780–3,175毫米，山区最多可达6,100毫米，山区以苏门答腊、西爪哇、加里曼丹、苏拉威西、巴布亚西部为最高；湿度一般而言相当高，平均约80%；年温差小，雅加达日均温介于26至30℃。

印尼地处环太平洋火山带，处于太平洋板块与印度-澳洲板块之间，地震和火山活动频繁，全国共有火山400多座，其中活火山150多座。著名的活火山有默拉皮火山、喀拉喀托火山、马拉皮火山等。